Colonel Jack O'Neill und das Team kehren vom Kampf erschöpft, aber erleichtert auf die Erde zurück: Sie haben die Replikatoren vernichtet und damit die Menschheit vor einer großen Gefahr bewahrt. Zu ihrem großen Schrecken müssen die Heimkehrer jedoch erfahren, dass sie nicht alle dieser aggressiven Kreaturen unschädlich gemacht haben. Als Thors Raumschiff in den Ozean stürzte, befand sich noch ein Replikator an Bord. Das gefährliche Wesen rettete sich auf ein russisches U-Boot, tötete innerhalb kürzester Zeit die gesamte Besatzung und vermehrte sich unaufhaltsam. Als O'Neill davon erfährt, besteht er darauf, das betreffende U-Boot mit Nuklearwaffen komplett zu zerstören, doch das Pentagon befürchtet, damit den Unwillen der russischen Regierung auf sich zu ziehen. Also müssen O'Neill und Teal'C zusammen mit einem kleinen, aber schwer bewaffneten Team an Bord des U-Boots, um den Replikatoren mit reiner Waffengewalt entgegen zu treten. In der Zwischenzeit wird Carter auf Thors Heimatplaneten gebracht, der mittlerweile fast völlig von den Replikatoren verwüstet wurde. Für Thor ist Carter die letzte Hoffnung für seinen Planeten, schließlich hat sie bereits mit dem SG-1-Team erfolgreich Replikatoren bekämpft. Ob sie es ein zweites Mal schaffen wird?